Ha effettuato gli studi di musica sacra e di organo concertista presso le università di Magonza, Mannheim e Saarbrücken, Hans-Jürgen Kaiser opera dal 1989 come organista della cattedrale nella Cattedrale di Fulda. È commissario per gli organi nella diocesi di Fulda e direttore artistico di concerti e matinée organistiche presso la Cattedrale di Fulda.
Dal 1990 insegna presso l’Università Johannes Gutenberg di Magonza, dove è stato nominato professore universitario per l’improvvisazione organistica nel 1995. Insegna improvvisazione, composizione liturgica d’organo e letteratura organistica.
Dopo uno studio approfondito della musica organistica romantica francese e tedesca e della musica di Bach e di Messiaen, ha ampliato il suo repertorio nella direzione della musica antica. La base di questo è, tra le altre cose, il suo particolare interesse per la costruzione di organi storici. Le sue improvvisazioni includono sia stili storici che improvvisazione contemporanea e jazz.
Numerose le sue registrazioni di CD (Liszt / Reger / Bach / Eben) su importanti organi più recenti, ma soprattutto su organi monumentali e storici (Cattedrale di Schwerin, Cattedrale di Fritzlar, organo storico in Assia).
I numerosi concerti in cui si è esibito in Germania e all’estero, insieme a corsi per l’improvvisazione organistica, completano la sua vasta gamma di attività.
Dal 2004 al 2012 ha presieduto la Conferenza dei dirigenti delle istituzioni educative musicali della Chiesa cattolica in Germania. Essendo uno dei due redattori principali del libro di testo ecumenico per musica sacra „Basiswissen Kirchenmusik“, pubblicato per la prima volta da Carus-Verlag nel 2009 e già premiato con il German Music Edition Award nel 2010, ha fissato nuovi standard in termini di contenuto, metodologia e didattica.
Prossimamente pubblicherà un CD dedicato all’organo della Stadtpfarrkirche di Fulda e uno dal titolo „Veni creator spiritus“ basato su improvvisazioni sopra un testo e registrato presso la cattedrale di Fulda
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