Ha iniziato gli studi musicali con Peter Planyavsky. Ha quindi studiato Musica Sacra, pedagogia della musica e organo sotto la guida di Michael Radulescu presso la Scuola Musicale Superiore di Vienna, approfondendo poi i suoi studi in Italia, Svizzera ed Olanda.

Molteplici sono le sue attività in campo musicale: è organista degli organi storici della chiesa di Sant´Anna a Steinbruch (1727) e nel castello di Neuhaus (ca.1625).

È docente di organo presso il conservatorio per la Musica Sacra di Linz e svolge un´intensa attività concertistica in numerosi Paesi europei, in Asia, America Latina e negli Stati Uniti. È stato invitato a far parte della giuria di concorsi nazionali e internazionali.

Tiene, inoltre, corsi di perfezionamento su tre strumenti che si trovano nella grande sala della sua casa a Pürnstein (organo storico italiano, organo storico austriaco e nuovo organo Pirchner in stile barocco) ma anche presso istituzioni accademiche europee e extraeuropee.

Gustav Auzinger ha curato molti progetti per la costruzione ed il restauro di organi in Austria ed ha inoltre effettuato varie registrazioni per la radio e la televisione; ha inciso diversi CD.

È direttore artistico della collana CD “Orgellandschaft Oberösterreich” (attualmente una collana di 18 CD che include gli organi più
importanti della Diocesi di Linz).